เนื่องด้วยโรคปากและเท้าเปื่อยในประเทศไทยที่พบในขณะนี้มี 3 ชนิด คือ โอ, เอ และเอเซียวัน ซึ่งแต่ละชนิดไม่สามารถให้ความคุ้มครองโรคแก่สัตว์ที่เป็นโรคอีกชนิดหนึ่งที่ไม่ใช่ชนิดเดียวกันได้ ดังนั้นจึงอาจเป็นโรคที่เกิดจากชนิดอื่นได้ ตัวอย่างเช่น สัตว์ที่ฉีดวัคซีนโรคปากและเท้าเปื่อยชนิดโอแล้ว ก็อาจเป็นโรคปากและเท้าเปื่อยชนิดเอ หรือเอเซียวันได้ การเก็บตัวอย่างเชื้อจาก โค กระบือ สุกร แพะ และแกะ จากท้องที่ที่เกิดโรคนี้มาตรวจวินิจฉัย เพื่อ

1. ให้ทราบว่าเป็นโรคปากและเท้าเปื่อยหรือไม่และเป็นชนิดใด

2. ให้ทราบว่าเชื้อชนิดใดกำลังระบาดอยู่ในตำบล อำเภอ จังหวัดใด เพื่อการศึกษาทางระบาดวิทยาในสัตว์

3. ให้การใช้วัคซีนในการป้องกันและกำจัดโรคตรงกับชนิดของเชื้อที่กำลังระบาดในแต่ละพื้นที่