1. โรคใบแห้ง เกิดจากเชื้อแบคทีเรีย Erwinia chrysanthemi อาการเริ่มแรกยอดจะเหี่ยวในเวลากลางวัน
และฟื้นในเวลากลางคืน ต่อมายอดจะเน่าแห้งเป็นสีน้ำตาล โรคนี้ระบาดมากในสภาพอากาศร้อนและความชื้นสูง เชื้อโรคจะติดมากับเครื่องมือเครื่องใช้ เช่น มีดหรือกรรไกร
การป้องกันกำจัด ควรใช้กิ่งปักชำที่ปราศจากโรคมาปลูก และถ้ามีโรคระบาดในแปลงควรเผาทำลาย หรือฉีดพ่นด้วยสารเคมีประเภทสเตรปโตมัยซิน
2. โรคใบจุด เกิดจากเชื้อรา Septoria sp. ระบาดมากในฤดูฝน มีอาการคือใบจะเป็นจุดสีน้ำตาล
ไหม้แผลค่อนข้างกลม เมื่อเป็นมาก ๆ แผลจะขยายใหญ่ติดกันจนทำให้ใบไหม้แห้งและร่วง
มักเป็นใบล่างขึ้นมาจนถึงยอด
การป้องกันกำจัด ไม่ควรปลูกเบญจมาศชิดกันมาก ทำให้อากาศถ่ายเทไม่สะดวกมีผลให้ความชื้นสูงที่โคนต้นง่ายต่อการระบาดของโรค และควรฉีดพ่นด้วยสารเคมีป้องกันกำจัดเชื้อรา เช่น
แคบแทน, มาเนบ, และไซเนบ อย่างสม่ำเสมอ
3. โรคดอกเน่า เกิดจากเชื้อรา Choanephora sp. ระบาดมากในฤดูฝน อาการที่พบคือกลีบดอก
เน่าช้ำเป็นสีน้ำตาลแก่ เกิดได้ทั้งในดอกอ่อนและดอกแก่
การป้องกันกำจัด
ในฤดูฝนควรฉีดยาป้องกันกำจัดเชื้อรา เช่น ไซเนบ, แคบแทน, ไดเทน เอ็ม 45 โดยใช้ร่วมกับยาจับใบ
4. โรคราสนิม เกิดจากเชื้อเรา Puccinia chrysanthemi มักเป็นกับเบญจมาศที่ปลูกทางภาคเหนือ
สังเกตได้ที่ใบ, กลีบดอก และก้านดอก จะพบสปอร์ของเชื้อราเป็นสีเหลืองที่บริเวณเหล่านี้ ทำให้ใบแห้งเป็นสีน้ำตาล
การป้องกันกำจัด ดูแลแปลงปลูกให้สะอาด และฉีดพ่นด้วยเพลนท์แวกซ์ ทุก ๆ 7 วันในช่วงที่มีการระบาด
5. หนอนผีเสื้อกินดอก จะกัดกินใบ
และยอดเบญจมาศขณะยังไม่ออกดอก แต่เมื่อเบญจมาศ
มีดอกหนอนจะกัดกินกลีบดอกและทำให้ดอกร่วง
การป้องกันกำจัด ให้ฉีดพ่นด้วย บาซูดิน 40% ชนิดผง 2-3 ช้อนชาต่อน้ำ 1 ปี๊บ