สีที่ได้จากธรรมชาติ มีหลายสีด้วยกัน อาจได้จากทั้งพืชและสัตว์ นับว่า ปลอดภัยที่สุด เช่น

1. สีแดง ได้จาก ครั่ง (ใช้รังครั่งใหม่ๆ) กระเจี๊ยบ (กลีบเลี้ยงหุ้มฝัก) ดอกเข็ม มะเขือเทศ มะละกอ อั้กคั่ก หรือข้าวแดง หัวบิท ฝาง (ใช้เนื้อไม้หรือแก่นให้สีแดง ใช้เป็นหลักในการปรุงยาอุทัย)

2. สีเหลือง ได้จาก ขมิ้น ทั้งขมิ้นชันและขมิ้นอ้อย ลูกพุด ลูกตาลสุก ฟักทอง ดอกคำฝอย เมล็ดคำแสด ไข่แดง หญ้าฝรั่น

3. สีเขียว ได้จากใบเตยหอม

4. สีน้ำเงินได้จากดอกอัญชัน

5. สีม่วง ได้จาก ลูกหว้า ใบสาวดำ มันเลือดนก ดอกอัญชันผสมน้ำมะนาว ข้าวเหนียวดำ

6. สีน้ำตาล ได้จาก น้ำตาลเคี่ยวไหม้ (Caramel) และโกโก้ผง

7. สีดำ ได้จาก ใบยอ ใบคนทีสอ ถ่าน กาบหรือกะลามะพร้าวเผาไฟ หรือใบจาก หรือรวงตาลเผาไฟ ถั่วดำ ดอกดิน