ข้าวโพดฝักอ่อนจะเก็บเกี่ยวได้หลังจากดึงช่อดอกตัวผู้แล้วประมาณ 3-5 วัน การเก็บเกี่ยวมีข้อพึงปฏิบัติดังนี้

1. สังเกตจากไหม เริ่มโผล่พ้นปลายฝัก มีความยาว 1-2 เซนติเมตร จะเป็นช่วงที่เหมาะสมในการเก็บเกี่ยวที่สุด

2. เก็บเกี่ยวจากฝักบนสุดเป็นฝักแรก และฝักอื่นๆ ถัดต่ำตามลงมา การหักฝักควรหักให้ติดลำต้นไปด้วย เพราะจะทำให้มองเห็นต้นที่เก็บเกี่ยวแล้ว

3. เก็บเกี่ยวทุกวัน เพื่อมิให้ฝักแก่เกินไป

4. ถ้าเกษตรกรใช้พันธุ์ใหม่ๆ ที่ยังไม่มีความชำนาญ เนื่องจากพันธุ์ข้าวโพดฝักอ่อนแต่ละพันธุ์จะมีอายุแตกต่างกัน ตั้งแต่ 40-60 วัน เกษตรกรจึงควรเก็บตัวอย่างข้าวโพดที่มีไหมยาวแตกต่างกันมากรีดดูรูปร่างและขนาดของฝัก จะทำให้รู้ว่า ควรเก็บฝักตอนที่ไหมยาวขนาดไหน

5. การเก็บฝักเพื่อส่งออกในรูปฝักสด ควรเก็บเกี่ยว 2 ฝักต่อต้น เกษตรกรไม่ควรเก็บฝักที่ 3 เนื่งอจากฝักมักจะไม่สมบูรณ์ ไม่ได้คุณภาพส่งออก การเก็บเกี่ยวข้าวโพดอ่อนในระยะเวลาถูกต้อง เป็นหัวใจสำคัญของการปลูกข้าวโพดฝักอ่อน คุณภาพจะดีหรือไม่ขึ้นอยู่กับช่วงนี้ หากเก็บเกี่ยวไม่ถูกต้อง เช่น ช้าไป ไหมโผล่ยาวจากฝักมากจะได้ฝักที่มีขนาดใหญ่เกินมาตรฐานความต้องการของโรงงานหรือผู้ส่งออกฝักสด ซึ่งต้องคัดออกเป็นปัญหาที่สำคัญประการหนึ่ง