1. ส่วนเหลื่อมการตลาด(Market Margin)ของปลาดุกซึ่งต้องแช่น้ำตลอดจนทั้งนี้เพราะผู้บริโภคนิยมบริโภคแบบมีชีวิตทำให้ส่วนเหลื่อมการตลาดสูง จากการศึกษาของมหาวิทยาลัย เกษตรศาสตร์ พบว่าส่วนเหลื่อมการตลาดของปลาน้ำจืดเฉลี่ยกิโลกรัมละ 14 บาท
2. สำหรับตลาดในประเทศนั้นยัง มีการแข่งขันกับปลาดุกจากแหล่งน้ำธรรมชาติในบางช่วงฤดู โดยเฉพาะในฤดูฝน ดังนั้นการผลิตและตลาดควรคำนึงถึงฤดูกาลด้วย
3. ตลาดต่างประเทศ ยังค่อนข้างจำกัด เนื่องมาจากการเผยแพร่ผลิตภัณฑ์แปรรูปยังไม่กว้างขวางเหมือนสัตว์น้ำชนิดอื่น