บ่อปลาบางแห่ง ปุ๋ยธรรมชาติในดินไม่เพียงพอที่จะทำให้เกิดจุลินทรีย์ ซึ่งเป็นสัตว์ที่มีชีวิตเล็ก ๆ ในน้ำที่ลูกปลาใช้เป็นอาหาร จำเป็นต้องใส่ปุ๋ยคอก ได้แก่ มูลโค มูลกระบือที่ตากแห้งแล้ว โรยปุ๋ยตามริมบ่อในอัตรา 10 กิโลกรัมต่อเนื้อที่ 160 ตารางเมตร โดยปกติ ควรใส่ปุ๋ยคอก 2-3 เดือนต่อครั้ง การที่จะให้บ่อปลามีอาหารธรรมชาติอยู่เสมอนั้นให้นำปุ๋ยหมักไปกองไว้บริเวณริมบ่อด้านใดด้านหนึ่ง (ปุ๋ยหมักนี้จะใช้หญ้าสดที่ดายทิ้ง กองอัดให้แน่นแล้วใส่ปุ๋ยคอกผสมลงไปด้านใดด้านหนึ่ง (ปุ๋ยหมักนี้จะใช้หญ้าสดที่ดายทิ้ง กองอัดให้แน่นแล้วใส่ปุ๋ยคอกผสมลงไปด้วย เพื่อให้หญ้าสดสลายตัวเร็วขึ้นจะช่วยเร่งให้เกิดจุลินทรีย์และไรน้ำต่าง ๆ เพื่อใช้เป็นอาหารของปลาสลิดต่อไป

สำหรับการใส่ปุ๋ยต้องระวัง อย่าใส่มากเกินกว่าที่กำหนดไว้ เพราะอาจจะเกิดน้ำเขียวจัดหรือน้ำเสีย ถ้าเป็นช่วงที่ฟ้าครื้มไม่มีแดดติดต่อกันหลายวัน หรือมีการฟันหญ้าเพิ่มด้วย ทั้งนี้ให้หมั่นตรวจดูสีน้ำซึ่งมีกรรมวิธีทดสอบง่าย ๆ คือ ถ้าใช้มือกำแล้วหย่อนลงไปในน้ำระดับข้อศอก แล้วมองไม่เห็นกำมือควรรีบเติมน้ำเข้าหรือสูบน้ำในบ่อพ่นไปในอากาศ หากลูกปลายังมีขนาดเล็ก ต้องป้องกันมิให้ลูกปลาเข้าปลายท่อสูบน้ำ วิธีนี้เป็นการเพิ่มอากาศบริสุทธิ์ในน้ำ

การใส่ปุ๋ยเนื้อที่/กิโลกรัม

1 ไร่ 2 ไร่ 3 ไร่ 4 ไร่ 5 ไร่
ใส่ทุกวัน 5 10 15 20 25
ใส่วันเว้นวัน 10 20 30 40 50
ใส่ทุก 3 วัน 15 30 45 60 75
ใส่ทุก 4 วัน 20 40 60 80 100
ใส่ทุก 5 วัน 25 50 75 100 120
ใส่ทุก 6 วัน 30 60 90 120 150
ใส่ทุก 7 วัน 35 70 105 140 175