ศัตรูของปลาสลิด มีหลายประเภท ดังนี้คือ
1. สัตว์ดูดนม เช่น นาก
2. นกกินปลาย เช่น นกกระเต็น นกยาง นกกาน้ำ และเหยี่ยว
3. สัตว์เลื้อยคลาน เช่น งู เต่า ตะพาบน้ำ ฯลฯ
4. กบ เขียด
5. ปลากินเนื้อ เช่น ปลาช่อน ปลาชะโด ปลาไหล จะกินปลาสลิดขนาดเล็ก และขนาดใหญ่ ส่วนปลากริม ปลากัด ปลาหัวตะกั่ว ปลาหมอ มวนวน แมงดาสวน จะกินไข่ปลาสลิดและลูกปลาในวัยอ่อน

ตามธรรมชาติของปลาสลิดย่อมจะรู้จักหลบหลีกศํตรูได้ดี แต่เมื่อนำมาเลี้ยงไว้ในบ่อ ปลาสลิดยากที่จะหาทางหลบหลีกศัตรูได้ จึงจำเป็นจะต้องช่วยโดยการป้องกันและกำจัด

การป้องกันและกำจัดพวกสัตว์ดูดนม สัตว์เลื้อยคลาน โดยทำรั้วล้อมรอบก็เป็นการป้องกันได้ดี ส่วนสัตว์จำพวกนกต้องทำเพิงคลุมแป้นอาหาร เพื่อป้องกันนกโฉบปลาในขณะที่ปลากินอาหารอยู่เป็นกลุ่ม สำหรับปลากินเนื้อชนิดต่าง ๆ นั้น ต้องระวังผักที่จะเก็บลงมาปลูกในบ่อเพราะอาจจะมีไขปลาติดมาด้วย โดยเฉพาะท่อระบายน้ำเข้าต้องพยายามใช้ลวดตาข่าวยที่มีช่องตาขนาดเล็กกรองน้ำที่จะผ่านลงในบ่อ และหมั่นตรวจตะแกรงถ้าชำรุดควรรีบเปลี่ยนใหม่

อนึ่ง การล้อมรอบคันบ่อใช้ตาข่ายไนล่อนให้สูงจากพื้นดินอย่างน้อย 50 เซนติเมตร ส่วนล่างของตาข่าวยให้ฝังดินลึกประมาณ 10 เซนติเมตร ถ้าเป็นที่ลุ่มควรต่อตาข่ายไนลอน 2 ผืน หรือเสริมเฝือกสูงประมาณ 2 เมตร พร้อมทั้งหมั่นตรวจสอบ หากชำรุดต้องรีบซ่อมแซม