เมล็ดไม้ดอกส่วนมากมีขนาดเล็ก (เล็กกว่า 1 ซม.) พวกที่เมล็ดมีขนาดพอจับต้องได้ไม่เล็กมาก ได้แก่ เมล็ดดาวเรือง, ดาวกระจาย, บานชื่น ฯ ส่วนพวกที่มีขนาดเล็ก เช่น เมล็ดหงอนไก่, แอสเตอร์, เวอร์บีน่า ฯ ส่วนเมล็ดที่มีขนาดเล็กมาก เช่น เมล็ดพิทูเนีย, โลบีเลีย, ฤาษีผสม, กล็อกซิเนีย ฯ

หลักการเพาะเมล็ด ให้กลบเมล็ดหนา 2 เท่าของความหนาของเมล็ด และหว่านหรือโรยเมล็ดโดยไม่ให้เมล็ดทับกัน โดยให้เมล็ดนอนตามธรรมชาติ

วัสดุเพาะ ควรมีคุณสมบัติ เบา, โปร่ง, สะอาด, อุ้มน้ำได้ดีพอสมควร เช่น ทรายหยาบ (เลือกทรายก่อสร้าง ไม่ควรใช้ทรายขี้เป็ด) ร่อน 1 ส่วน, ขุยมะพร้าวร่อน 1 ส่วน โดยปริมาตร ผสมคลุกให้เข้ากันในขณะที่แห้ง เมื่อเข้าเป็นเนื้อเดียวกันแล้วจึงพรมน้ำเล็กน้อย คลุกใหม่อีกครั้งให้เข้าเป็นเนื้อเดียวกัน ใช้มือสัมผัสวัสดุเพาะ ถ้ารู้สึกเย็นมือหรือเมื่อกำแล้วจับเป็นก้อนได้แต่จะแตกออกได้ง่ายเมื่อสัมผัส แสดงว่าใช้ได้ แต่ถ้ายังไม่เย็นมือให้พรมน้ำและคลุกใหม่อีก ทำเช่นนี้เรื่อย ๆ จนกว่าจะได้ความรู้สึกเย็นมือเมื่อสัมผัส ถ้าไม่มีวัสดุเพาะดังกล่าวให้เลือกใช้วัสดุอื่นได้ เช่น ทราย + ถ่านแกลบ หรือ ขุยมะพร้าว + ถ่านแกลบ เป็นต้น ในต่างประเทศนิยมใช้ พีชมอส, เวอร์มิคูไลท์ หรือทั้ง 2 อย่างผสมกัน

ภาชนะเพาะเมล็ด อาจใช้ตระกร้าพลาสติกสี่เหลี่ยมแบบที่ขอบตระกร้าทั้งสี่ด้านและที่พื้นเป็นตระแกรง มีขนาดของช่องประมาณ 3 ถึง 5 มิลลิเมตร ส่วนขนาดตระกร้าไม่จำกัด แล้วแต่จำนวนเมล็ดและความสะดวก หรืออาจใช้กระถางปากกว้างทรงเตี้ยหรือภาชนะอื่นๆ แทน ถ้าใช้ตระกร้าพลาสติกสี่เหลี่ยม ให้ตัดกระดาษหนังสือพิมพ์ (เลือกใช้เฉพาะที่ซึมน้ำได้ง่าย) 5 ชิ้น โดย 4 ชิ้น จะตัดให้มีขนาดเท่ากับภายในด้านข้างทั้งสี่ของตระกร้า ส่วนอีก 1 ชิ้น ตัดให้พอดีกับก้นตระกร้าด้านใน กระดาษแต่ละชิ้นต้องไม่เลื่อมกันหรือเป็นผืนเดียวกัน นำวัสดุเพาะที่ทำให้ชื้นแล้วใส่ลงในตระกร้า โดยใส่ที่มุมทั้งสี่ก่อน ใส่วัสดุเพาะให้สูงประมาณ 3 ส่วน 4 ของความสูงสองตระกร้า แล้วเกลี่ยผิวหน้าวัสดุเพาะในตระกร้าให้เรียบ ได้ระดับขนาดกับขอบตระกร้า เพื่อให้ผิวหน้าวัสดุปลูกเก็บความชื้นได้สม่ำเสมอ ทำร่องที่วัสดุเพาะ แต่ละร่องห่างกันประมาณ 1.5 นิ้ว ทำร่องเป็นลักษณะตัววี ปากกว้าง ความลึกแล้วแต่ขนาดเมล็ด คือร่องต้องลึกประมาณ 2 เท่าของความหนาของเมล็ดที่จะเพาะ โรยเมล็ดลงในร่อง ๆ ละ 1 ชนิด ถ้าเมล็ดมีความงอกดีให้โรยเมล็ดห่างกว่าเมล็ดที่มีความงอกไม่ดี เพราะถ้าโรยเมล็ดมากเกินไป ต้นกล้าจะงอกขึ้นมาเบียดเสียดกัน จะทำให้การระบายอากาศไม่ดี เกิดโรคโคนเน่าได้ง่าย และต้นกล้าจะผอมและยืด ซึ่งเป็นลักษณะต้นกล้าที่ไม่ดี เขียนชื่อพันธุ์และวันที่ที่เพาะลงที่ป้ายชื่อและปักไว้ที่หัวร่องทุกร่องเพื่อกันลืม ต่อไปให้กลบเมล็ด โดยปาดดินจากขอบร่องทั้งสองข้างกลบร่อง และเกลี่ยผิวหน้าวัสดุเพาะให้เรียบและได้ระดับเช่นเดิม แต่ระวังไม่ให้เมล็ดโผล่ขึ้นมา จากนั้น ตัดกระดาษให้มีขนาดเท่ากับผิวด้านบนวัสดุเพาะแล้วปิดทับด้านบน

การรดน้ำตระกร้าเพาะเมล็ด ทำได้ 2 วิธี จะใช้วิธีใดก็ได้ คือ 1) ใช้บัวฝอยละเอียดรดไปมา พอน้ำเริ่มท่วมผิวหน้าวัสดุเพาะให้หยุด รอจนน้ำซึมลงไปแล้วจึงรดอีก ทำเช่นนี้สัก 2 ถึง 3 ครั้ง แล้วยกตระกร้า ถ้าตระกร้ายังเบาให้รดน้ำอีกแล้วยกใหม่ ทำเช่นนี้เรื่อย ๆ จนกว่ารู้สึกว่าตระกร้าหนักพอเหมาะจึงหยุดรดน้ำ ปิดผิวหน้าด้วยกระดาษที่เตรียมไว้แล้วโปรยน้ำพอกระดาษเปียก 2) ปิดผิวหน้าด้วยกระดาษที่เตรียมไว้ แล้วใช้บัวฝอยละเอียดรดไปมา เมื่อน้ำเริ่มท่วมกระดาษให้หยุดรด รอจนน้ำซึมลงไปก่อนจึงรดต่อ ทำเช่นนี้ 2 ถึง 3 ครั้ง แล้วแยกตระกร้าเช่นเดียวกับข้อ 1.) ถ้ายังเบาให้รดอีก ถ้าหนักแล้วจึงหยุด

วางตระกร้าบนที่ราบเรียบและได้ระดับน้ำ และควรวางบนโต๊ะ สูงจากพื้นดินอย่างน้อย 50 ซม. ไม่ควรวางที่พื้นโดยตรง เมื่อกระดาษที่ปิดอยู่ด้านบนเริ่มแห้งให้เปิดกระดาษเพื่อดูว่าผิวหน้าวัสดุปลูกยังเปียกหรือชื้นอยู่ให้โปรยน้ำที่กระดาษพอให้เปียก แต่ถ้าผิวหน้าวัสดุปลูกแห้ง ต้องรดน้ำที่วัสดุปลูกให้เปียกดีก่อนปิดด้วยกระดาษแล้วจึงรดให้กระดาษเปียก ถ้าเพาะโดยใช้กระถางปากกว้างทรงเตี้ย วิธีเพาะคล้ายคลึงกัน ต่างกันที่ไม่ต้องตัดกระดาษ 5 ชิ้น เพียงตัดแค่ชิ้นเดียวเพื่อปิดด้านบนเท่านั้น แต่ที่สำคัญคือต้องเอาเศษกระถางแตกวางคว่ำปิดรูระบายน้ำที่ก้นกระถาง แล้วปิดทับด้วยใยมะพร้าวหนาประมาณ 1 ซม. เพื่อกันวัสดุเพาะไหลออกทางรูก้นกระถาง

ในกรณีที่เมล็ดมีขนาดเล็กมาก เช่น เมล็ดพิทูเนีย จะนำเมล็ดมาคลุกกับทรายละเอียด ประมาณ 1 ช้อนชาก่อน แล้วหว่านทั่วผิวหน้าวัสดุเพาะที่ชื้น แล้วจึงนำตระกร้าหรือกระถางวางบนจานรองที่มีน้ำอยู่พอสมควร ปล่อยให้น้ำซึมขึ้นจนผิวหน้าวัสดุเพาะเปียกจึงยกกระถางออกจากจานรอง แล้วปิดปากกระบะหรือกระถางด้วยแผ่นกระจกใสหรือพลาสติกใส เพื่อรักษาความชื้นให้สม่ำเสมอ แต่ต้องเผยอกระจกขึ้นบ้างเพื่อไม่ให้อากาศภายในร้อนและอบจนเกินไป นำกระบะหรือกระถางไปวางในที่แสงรำไร เมื่อเมล็ดนั้นต้องการแสงในการงอก เช่น เมล็ดพิทูเนีย แต่ถ้าเมล็ดบางชนิดงอกดีในที่มืด เช่น เมล็ดพังพวย ให้นำกระบะหรือกระถางไปไว้ในที่มืด หรือใช้ผ้าหรือพลาสติกสีดำคลุมกันแสง เมื่อกล้าเริ่มงอกแล้วต้องรีบนำกระบะเพาะหรือกระถางไปไว้ในที่ได้แสงมากขึ้น มิฉะนั้นกล้าจะยืด เมื่อด้านบนของวัสดุเพาะเริ่มแห้งให้นำไปวางบนจานรองที่มีน้ำอยู่เหมือนครั้งแรกตอนเพาะเมล็ด เมื่อกล้ามีใบจริง 2 ถึง 4 ใบ สามารถย้ายปลูกได้