สารควบคุมการเจริญเติบโตเป็นสารเคมีการเกษตรชนิดหนึ่ง ซึ่งจัดว่าเป็นสารที่มีพิษเช่นกัน ดังนั้นการใช้สารเหล่านี้จึงต้องให้ความระมัดระวังเช่นเดียวกับการใช้ยาฆ่าแมลง เช่น ห้ามใช้มือคนสาร หลีกเลี่ยงการสัมผัสสารเข้มข้นโดยตรง สวมชุดที่สามารถป้องกันการฟุ้งกระจายของสาร และอื่นๆ ตามหลักเกณฑ์เพื่อความปลอดภัยในการใช้สารพิษ

โดยทั่วไปแล้ว สารเหล่านี้มักสลายตัวได้ง่าย ซึ่งจะทำให้เสื่อมประสิทธิภาพได้เร็ว จึงควรเก็บรักษาไว้ในที่เย็นและไม่ถูกแสง ควรผสมสารให้เพียงพอต่อการใช้ในแต่ละครั้งเท่านั้น และเพื่อความมั่นใจในประสิทธิภาพของสารจึงไม่ควรใช้สารที่เก็บรักษาไว้นานเกิน 2 ปี