ปกติขนุนไม่ค่อยมีโรคแมลงรบกวนนัก การปลูกโดยทัวไปก็ไม่ได้คำนึงถึง การกำจัดศัตรูนัก แต่การป้องกันและกำจัดศัตรูที่จะมารบกวนก็เป็นอีกทางหนึ่ง ที่จะทำให้การปลูกขนุนได้ผลอย่างเต็มที่ ทำให้ต้นมีอายุยืนให้ผลได้นาน

1. โรค ที่พบว่าเป็นปัญหาอยู่บ้างได้แก่ โรครา ที่เกิดที่ดอกทำให้ดอกและผล อ่อนเน่าเป็นสีดำร่วงหล่นเสียหาย การป้องกันให้ฉีดด้วยยากันราต่าง ๆ หรือกำมะถัน ผงชนิดละลายน้ำได้ แต่ต้นขนุนที่ได้รับแดดจัด ต้นโปร่ง จะเป็นโรคนี้น้อย นอกจากนี้ก็มีโรคราที่เกิดกับใบ กิ่ง หรือต้นอยู่บ้างแต่ไม่ทำความเสีย หายร้ายแรง การบำรุงรักษาต้นให้แข็งแรง ดูแลทำความสะอาดสวนอยู่เสมอ ไม่ปล่อยให้รกรุงรัง มีการตัดแต่งกิ่งออกเสียบ้างไม่ให้ต้นทึบเกินไป ตลอดจนการ ตัดกิ่งที่เป็นโรค กิ่งที่ไม่ค่อยแข็งแรงทิ้งอยู่เสมอ เป็นการป้องกันการเข้าทำลายของ ศัตรูต่าง ๆ ได้เป็นอย่างดีโดยไม่จำเป็นต้องใช้ยาปราบศัตรูพืชก็ได้ การใช้ยาปราบ ศัตรูพืชให้ใช้ในกรณีรีบด่วน หรือเกิดการระบาดอย่างมากเท่านั้น

2. แมลง

ที่พบอยู่เสมอคือ หนอนไชลำต้น โดยเฉพาะในสวนที่ไม่ค่อยดูแลรักษา ปล่อยให้รกรุงรังจะพบมาก และยังพบมากในต้นขนุนที่มีอายุมาก ๆ ตัวหนอนจะ เจาะไชอยู่ตามกิ่ง ต้น สังเกตได้ดือรูที่หนอนไชจะมียางขนุนไหลออกมา เมือพบว่า หนอนเจาะไชเข้าไปในกิ่งหรือต้นแล้ว การกำจัดจะทำได้ลำบาก ที่ทำได้คือเปิ ด ปากรูแล้วใช้สำลีชุบยาฆ่าแมลงเช่น ดีลดรีน ดีดีที อุดเข้าไปในรู แล้วใช้ดินเหนียว อุดปากรูไว้ หรือใช้ยาฉีดยุงฉีดเข้าไปในรูแล้วอุดด้วยดินเหนียว ยาจะระเหยเข้า ไปฆ่าหนอนได้ ส่วนกิ่งที่พบว่ามีหนอนไชมากให้ตัดเอาไปเผาทิ้งเสีย

นอกจากนี้อาจมีตัวหนอนหรือแมลงไชผล ทำให้บริเวณนั้นเน่าเป็นสีดำ ผลแป้วหรือเบี้ยวขายไม่ได้ราคา การป้องกันอาจฉีดด้วยยาฆ่าแมลงชนิดต่าง ๆ ตั้งแต่ตอนที่ยังเป็นผลอ่อนป้องกันไว้ก่อน หรืออาจทำได้โดยการห่อผลขนุนด้วยกระดาษ หนังสือพิมพ์ตั้งแต่ยังเป็นผลอ่อนอยู่ นอกจากนี้แมลงศัตรูของขนุนที่อาจพบก็มี เพลี้ยแป้ง เพลี้ยหอย และอื่น ๆ แต่ไม่ค่อยมีความสำคัญนัก การดูแลสวนให้สะอาด อยู่เสมอจะช่วยป้องกันการระบาดของแมลงได้เป็นอย่างดี