ไรแดงจะเข้าทำลายกระท้อนในระยะตั้งแต่ใบอ่อนจนถึงใบแก่ ทำให้ใบหงิกงอเป็นปุ่มปม ด้านใต้ใบจะมีลักษณะคล้ายกำมะหยี่ สีน้ำตาลถ้ามีระบาดมากจะทำให้ใบอ่อนหงิกงอหมดเมื่อพบว่าเริ่มมีไรแดงระบาดควรทำการตัดแต่งใบที่ถูกทำลายไปเผาทำลายทิ้ง และฉีดพ่นสารเคมีป้องกันกำจัดไรแดง เช่น กำมะถันผง ไดโคโฟล อามีทราส ไดโนบูตัน โดยฉีดพ่นหลังจากตัดแต่งกิ่งและเริ่มแตกใบอ่อน 2-3 ครั้ง ทุก 4 วัน

หนอนผีเสื้อยักษ์จะมีขนาดตัวใหญ่สีฟ้า จะเข้ากัดกินใบและยอดอ่อนทำให้ต้นกระท้อนชะงักการเจริญเติบโต ผลผลิตลดลง ถ้ามีระบาดควรจับตัวหนอนมาทำลายและฉีดพ่นสารเคมีป้องกันกำจัดแมลง เช่น เมทโธมีลประมาณ 1-2 ครั้ง ห่างกัน 15 วัน

ตัวหนอนมีขนาดเล็กมีขนถ้าาถูกผิวหนังจะรู้สึกแสบและคัน ตัวหนอนเข้ากัดกินใบเสียหาย ถ้ามีระบาดมากจะพบว่าตัวหนอนจะรวมกันเป็นกระจุกกัดกินใบแหว่งเป็นวง กำจัดโดยตัดใบที่มีตัวหนอนอยู่ด้วยไปทำลายทิ้งและฉีดพ่นสารเคมีป้องกันกำจัดแมลง เช่น เพอร์เมททริน เมทโธมมีล ประมาณ 1-2 ครั้ง

หนอนชนิดนี้จะอาศัยอยู่ในรังที่ทำจากกลีบดอกกระท้อนแห้ง ๆ และเข้ากัดกินขั้วผลขณะที่ผลกระท้อนยังเล็กอยู่ ทำให้ผลแห้งและร่วงหล่น การป้องกันกำจัดหนอนชนิดนี้ โดยการตัดแต่งกิ่งให้มีทรงพุ่มโปร่ง เมื่อเริ่มติดผลขนาดเล็ก ควรมีพ่นละอองน้ำล้างช่อดอกจะช่วยลดการทำลายลงได้ ถ้าระบาดมากควรพ่นสารเคมีป้องกันกำจัดแมลง เช่น โมโนโครโตฟอส ประมาณ 3-4 ครั้ง ทุก 7-10 วัน

เพลี้ยไฟจะเข้าทำลายกระท้อนตั้งแต่ระยะยอดอ่อน ระยะช่อดอกจนถึงติดผลขนาดเล็กทำให้ดอกแห้งร่วง ผลจะมีผิวลายและจะติดไปจนผลแก่ หากพบว่ามีเพลี้ยไฟระบาาดควรรีบทำการพ่นสารเคมีป้องกันกำจัดแมลง เช่น คาร์โบซัลแฟน ฟอร์มีทาเนท ในช่วงเริ่มออกช่อดอกและก่อนดอกบาน แต่งดการฉีดพ่นช่วงดอกบานหลังจาก ติดผลแล้วจึงฉีดพ่นใหม่ประมาณ 2-3 ครั้ง ห่างกัน 7-10 วัน

แมลงวันผลไม้จะเข้าวางไข่บนผลที่ผิวเปลือกเริ่มเปลี่ยนเป็นสีกระดังงาเป็นต้นไป ตัวหนอนจะชอนไช เข้าไปกัดกินเนื้อ ทำให้ผลเน่าและร่วงหล่น การป้องกันที่ดีที่สุดคือ การห่อผลในระยะที่ผลกระท้อนเริ่มเปลี่ยนสีเป็นสีขี้ม้า (ก่อนที่จะเปลี่ยนเป็นสีกระดังงา) ก็จะป้องกันได้

หนอนชนิดนี้จะพบว่า ระบาดในสวนกระท้อนที่ไม่มีการดูแลรักษา เช่น ไม่มีการตัดแต่งกิ่งตัวหนอนจะเจาะเข้าไปในกิ่งหรือลำต้นเข้าทำลายท่อน้ำ ท่ออาหารทำให้กิ่งแห้งตาย การป้องกันกำจัดโดยดูแลตัดแต่งกิ่งให้มีทรงพุ่มโปร่ง ถ้าพบว่ามีตัวหนอนเจาะเข้าไปในกิ่งหรือลำต้น โดยจะสังเกตจากมีขุยอยู่ตรงรูที่หนอนเจาะเข้าไป ให้ใช้เข็มฉีดยา ใส่สารป้องกันกำจัดแมลง เช่น ไดโครวอสฉีดเข้าไปในรูปที่หนอนเจาะ แล้วใช้ดินหรือดินน้ำมันปิดรูไว้

โรคใบจุดเกิดจากเชื้อราชนิดหนึ่ง เมื่อมีการระบาดจะทำให้เกิดเป็นจุดขนาดเล็ก ๆ บนใบ ขอบแผลมีสีเข้มตรงกลางมีสีเหลืองจุดเล็ก ๆ จะขยายไปจนทั่วใบตามความยาวของใบ เมื่อพบว่ามีโรคดังกล่าวระบาดมากควรทำการฉีดพ่นสารเคมีป้องกันกำจัดเชื้อรา เช่น บิโนมีล คาร์เบนดาซิม ทุก 10-15 วัน