หลังจากปลูกแล้วจะต้องคอยดูแลรักษาต้นกระท้อนอย่างสม่ำเสมอ ถึงแม้ว่ากระท้อนจะเป็นไม้ผลที่ไม่ค่อยมีโรคแมลงรบกวนมากนัก แต่การบำรุงรักษาให้ดีอยู่เสมอจะช่วยให้ต้นกระท้อนเจริญเติบโตเร็วมาก การดูแลรักษาโดยทั่วไปมีดังนี้

ปกติกระท้อนเป็นพืชที่ชอบน้ำแต่ขณะเดียวกันก็ทนสภาพความแห้งแล้งได้เป็นอย่างดีในช่วงที่กระท้อนยัง เล็กอยู่จะต้องให้น้ำอย่างสม่ำเสมอ เมื่อเจริญเติบโตขึ้นการให้น้ำก็จะมีช่วงห่างขึ้น อย่างไรก็ดีในช่วงที่ต้นกระท้อน เริ่มออกช่อดอกและติดผลจะต้องให้น้ำอย่างต่อเนื่อง จะช่วยให้

1. ช่อดอกมีความสมบูรณ์ การติดผลดี

2. ผลที่ติดแล้วมีการเจริญเติบโตอย่างสม่ำเสมอ สวนที่มีการให้น้ำดีจะทำให้ผลมีขนาดโตกว่าสวนที่ ขาดแคลนน้ำ

3. ลดปัญหาเรื่องผลแตกได้ ซึ่งปัญหานี้จะพบเสมอในสวนที่ขาดแคลนน้ำ

การตัดแต่งกิ่งกระท้อนในแต่ละปีจะทำเพียงเล็กน้อย สำหรับต้นที่ยังไม่ให้ผลมักจะให้มีการเจริญเติบโตอย่างเต็มที่ มีการตัดแต่งกิ่งที่แน่นทึบออกบ้าง เมื่อกระท้อนเริ่มให้ผลผลิตแล้ว การตัดแต่งจะมีมากขึ้นเล็กน้อย โดยจะทำการตัดแต่งกิ่งหลังจากเก็บเกี่ยวผลผลิตแล้วสิ่งที่ควรพิจารณาตัดแต่งออกมี

- กิ่งที่ถูกโรคแมลงเข้าทำลาย กิ่งแห้งตาย

- กิ่งที่แน่นทึบอยู่ในทรงพุ่ม

- กิ่งนำซึ่งมักจะเจริญไปในทางด้านสูง ซึ่งจะทำให้ทรงพุ่มสูงขึ้น ควรจะทำการตัดเพื่อควบคุมทรงพุ่มให้มีการเจริญออกทางด้านกว้างมากกว่า เพื่อสะดวกในการดูแลรักษา ตลอดจนการห่อผลและเก็บเกี่ยวผลผลิต

การใส่ปุ๋ยต้นกระท้อนที่ยังไม่ให้ผลจะเน้นไปที่เพื่อบำรุงต้นให้มีการเจริญเติบโตทางด้านกิ่งก้านเป็นส่วนใหญ่ ปุ๋ยที่ใช้ควรเป็นปุ๋ยคอกและปุ๋ยเคมีสูตรเสมอเป็นหลัก เช่น สูตร 15-15-15 หรือ 16-16-16 อัตราที่ใส่ควรจะไม่มากนักแต่ควรใส่บ่อยครั้งจะดีกว่า เช่น 3 เดือน/ครั้ง

เมื่อต้นกระท้อนให้ผลผลิตแล้ว การใส่ปุ๋ยจะเปลี่ยนสูตรไปตามระยะเวลาของความต้องการ กล่าวคือ

1. หลังจากเก็บเกี่ยวผลผลิตแล้ว จะใส่ปุ๋ยคอกและปุ๋ยเคมีสูตรเสมอ เช่น 15-15-15 เพื่อช่วยบำรุงต้นให้มีความสมบูรณ์เหมือนเดิม

2. ช่วงก่อนที่ต้นกระท้อนจะพักตัว ควรจะมีการใส่ปุ๋ยเพื่อช่วยให้ต้นมีการเก็บสะสมอาหารเพื่อการสร้างตาดอกดีขึ้น โดยใช้ปุ๋ยเคมีสูตร 9-24-24 หรือ 12-24-12 ในเดือนตุลาคม

3. ระยะติดผลแล้ว 1 เดือน ควรใส่ปุ๋ยสูตรเสมอ เช่น 15-15-15 เพื่อบำรุงผลให้เจริญเติบโตอย่างเต็มที่

4. ระยะก่อนเก็บเกี่ยวผลผลิตอย่างน้อย 20 วัน ควรมีการใส่ปุ๋ยที่มีธาตุโปแตสเซียมสูง เช่น 13-13-21 เพื่อช่วยให้มีการปรับปรุงคุณภาพของผลให้ดีขึ้น เช่น เนื้อมีความนุ่มขึ้น รสชาติหวานขึ้น

สำหรับอัตราที่ใช้ควรพิจารณาจากขนาดของทรงพุ่ม สภาพความสมบูรณ์ของต้นและปริมาณผลผลิตในแต่ ละปี ตัวอย่างเช่น ต้นอายุ 10 ปี มีขนาดทรงพุ่มกว้างประมาณ 8 เมตร มีการให้ผลผลิตดีอย่างสม่ำเสมอ ก็ควรให้ปุ๋ย ไม่ต่ำกว่า 8 กก./ปี แบ่งใส่เป็น 4 ครั้ง (ครั้งละ 2 กก.) โดยพิจารณาใช้สูตรตามช่วงระยะเวลาที่ได้กล่าวแล้ว ส่วนปุ๋ยคอกอาจใส่ในช่วงหลังจากเก็บผลแล้วครั้งเดียวก็พอ อัตราการใส่แล้วแต่ชนิดของปุ๋ยคอกที่ใช้ สำหรับต้นอายุ 10 ปี อาจใช้ อัตราตั้งแต่ 25 - 50 กก./ต้น

การกำจัดวัชพืชในสวนกระท้อนถ้าเป็นสวนขนาดเล็ก อาจใช้จอบดายหญ้าก็ได้ แต่ถ้าเป็นสวนขนาดใหญ่ ควรใช้เครื่องตัดหญ้าแบบสะพายไหล่ หรืออาจจะเป็นแบบรถเข็นตัดหญ้าก็ได้จะทำให้สะดวกมากขึ้น การใช้ สารเคมีกำจัดวัชพืชก็ได้ผลดีเช่นกัน แต่ต้องกระทำอย่างระมัดระวัง เพราะบางครั้งอาจทำให้เกิดความเสียหายกับ ต้นกระท้อนขึ้นได้ ในแต่ละปีจะทำการกำจัดวัชพืชประมาณ 3-4 ครั้ง ส่วนใหญ่จะอยู่ในช่วงฤดูฝน นับตั้งแต่เก็บเกี่ยวผลผลิตเป็นต้นไป จนหมดฤดูฝนแต่ถ้ามีวัชพืชมากก็อาจจะทำการกำจัดวัชพืชในช่วงออกดอกอีกครั้ง