สามารถขยายพันธุ์ได้หลายวิธี เช่น การเพาะเมล็ด เสียบยอด และทาบกิ่ง แต่วิธีที่นิยมปฏิบัติกันอยู่ คือ การเพาะเมล็ดโดยตรง เพราะสามารถทำได้สะดวกรวดเร็ว ต้นมังคุดที่ได้ไม่กลายพันธุ์ แต่มีข้อเสีย คือ ต้องใช้เวลาประมาณ 7-8 ปีกว่าจะให้ผลผลิต ถ้ามีการบำรุงรักษาเป็นอย่างดีก็อาจเร็วกว่านี้ได้เล็กน้อย ส่วนการขยายพันธุ์ด้วยวิธีเสียบยอดที่นำพันธุ์ดีจากต้นที่เคยให้ผลมาเป็นวิธีที่ช่วยให้มังคุดให้ผลผลิตได้เร็วขึ้น

การเพาะเมล็ด เมล็ดมังคุดที่นำมาเพาะควรได้จากผลมังคุดที่แก่จัดและเป็นผลที่ยังสดอยู่เพราะ จะงอกได้ดีกว่า เลือกเมล็ดที่มีขนาดใหญ่ล้างเนื้อและเส้นใยออกให้สะอาดแล้วรีบนำไปเพาะ แต่ถ้าไม่สามารถ เพาะได้ทันที ให้ผึ่งเมล็ดที่ทำความสะอาดแล้วให้แห้ง (ผึ่งลม) เก็บเมล็ดไว้ในถุงพลาสติก แช่ตู้เย็นไว้จะเก็บไว้ ได้นานขึ้น การเพาะเมล็ดสามารถเพาะลงในถุงพลาสติกได้โดยตรง แต่ถ้าทำในปริมาณมาก ๆ ก็ควรเพาะใน แปลงเพาะชำหรือกระบะเพาะชำ สำหรับวัสดุเพาะชำจะใช้ขี้เถ้าแกลบล้วน ๆ ขี้เถ้าแกลบผสมทรายหรือดินร่วน ผสมทรายก็ได้ แปลงเพาะชำต้องมีวัสดุพรางแสง และรดน้ำให้วัสดุเพาะมีความชื้นอยู่เสมอ หลังจากเพาะจะ ใช้เวลาประมาณ 15-20 วัน เมล็ดจึงเริ่มงอกจากนั้นก็คัดเลือกต้นกล้าที่มีความสมบูรณ์ย้ายจากแปลงเพาะไป ปลูกในถุงบรรจุดินผสมปุ๋ยคอก ใช้ถุงขนาด 4-5 นิ้ว การย้ายควรทำในช่วงที่ต้นกล้ามีอายุไม่เกิน 1 เดือน เพราะ ระบบรากยังไม่แผ่กระจาย ต้นกล้าจะไม่กระทบกระเทือนมาก แต่ต้องระวังลำต้นหักเพราะยังอ่อนอยู่ ต้องมีการ พรางแสงและให้น้ำกับต้นกล้าเช่นเคย เมื่อต้นโตขึ้นก็เปลี่ยนเป็นถุงที่มีขนาดใหญ่ขึ้น การเปลี่ยนถุงต้อง ระมัดระวังอย่าให้กระทบกระเทือนระบบรากเดิม ควรเปลี่ยนถุงบ่อย ๆ สัก 5-6 เดือนต่อครั้งเพราะจะทำให้มังคุดมีการเจริญเติบโต ดีขึ้น และไม่มีปัญหาเรื่องรากขดงอก้นถุง เมื่อมังคุดมีอายุประมาณ 2 ปี มีความสูงราว 30-35 เซนติเมตร มียอด 1-2 ฉัตร ก็พร้อมที่จะปลูกในแปลงได้

การเสียบยอด ต้นตอที่ใช้ในการเสียบยอด นอกจากจะใช้ต้นตอจากการเพาะเมล็ดมังคุดแล้ว อาจใช้ต้นตอจากพืชชนิดอื่นที่อยู่ในตระกูลเดียวกัน เช่น ชะมวง มะพูดป่า พะวา รง ซึ่งใช้ได้ช่นกัน ต้นตอที่เหมาะสม ควรมีอายุประมาณ 2 ปี หรือมีขนาดเส้นผ่าศูนย์กลางของลำต้นประมาณ 1-1.5 เซนติเมตร

ยอดพันธุ์ดีต้องเป็นยอดจากต้นที่สมบูรณ์ให้ผลผลิตมาแล้ว และควรเป็นยอดจาก กิ่งที่ชี้ตั้งขึ้น เพื่อให้ได้ต้นมังคุดที่มีทรงต้นตรงสวยงาม รวมทั้งจะต้องเป็นยอดที่มีขนาดใกล้เคียงกับขนาด ของต้นตอ วิธีการเสียบยอดมังคุด (สถาบันวิจัยพืชสวน, 2532) มีดังนี้

1. ตัดต้นตอสูงจากพื้น 20-25 เซนติเมตร และตัดเหนือข้อใบประมาณ 1-2 เซนติเมตร แล้ว ผ่ากลางต้นลึกเลยข้อไป 1-2 เซนติเมตร
2. ตัดยอดกิ่งพันธุ์ให้เหลือใบไว้ 2 ชั้นใบนับจากตายอดหรือมีจำนวนใบ 4 ใบ บริเวณที่ตัดอยู่ใต้ ข้อใบคู่ล่าง 1-2 เซนติเมตร ตัดคู่ใบบนออกครึ่งใบ เฉือนยอดกิ่งพันธุ์ให้เป็นรูปลิ่ม โดยเฉือนด้านที่มี ใบติดทั้งสองข้าง ให้ข้อใบอยู่บริเวณส่วนกลาง ของรอยแผล
3. นำยอดพันธุ์เสียบลงในแผลต้นตอให้ ข้อของยอดพันธุ์ตรงกับข้อของต้นตอ แล้วพันด้วยพลาสติก จากด้านล่างขึ้นบนให้แน่น เพื่อป้องกันน้ำเข้า
4. ใช้ถุงพลาสติกขนาดใหญ่คลุมโดยผูกปากถุง เพื่อรักษาความชื้นแล้วเก็บไว้ในเรือนเพาะชำ
5. ใช้เวลา 10-15 วัน ถ้ายอดพันธุ์ไม่เหี่ยวแสดงว่า การเสียบยอดได้ผล ปล่อยทิ้งไว้ประมาณ 40-60 วัน ทำการเปิดถุงพลาสติก นำไปดูแลรักษาจน แข็งแรงแล้วนำไปปลูกต่อไป