ผลมังคุดจะเริ่มเปลี่ยนสีไป จนมีสีม่วงเข้ม หรือม่วงดำ กินเวลาประมาณ 7 วัน และจะเก็บผลมังคุดไว้ในอุณหภูมิห้องระหว่าง 25-30 องศาเซนเซียส ซึ่งจะเก็บได้นานประมาณ 7 วัน ผลมังคุดจะเริ่มเสื่อมคุณภาพ การขนส่งและเก็บรักษาผลมังคุดในสภาพที่เหมาะสม คือใช้อุณหภูมิประมาณ 13 องศาเซนเซียส และบรรจุผลมังคุดในถุงพลาสติกเจาะรู จะทำให้มังคุดคงสภาพดีอยู่ได้ประมาณ 4 สัปดาห์