เนื่องจากมะขามเทศเป็นไม้ผลที่มีปัญหาเรื่องโรคและแมลงน้อยในช่วงออกดอกใหม่ ๆ ใช้สารฆ่าแมลงผสมสารกันราฉีดพ่น เพื่อให้ติดฝักดก ส่วนปัญหาเรื่อง แมลงกัดกินผิวและเมล็ด ใช้สารไมแทคพ่นทุก 15-20 วัน และหยุดเมื่อฝักมะขามเทศเริ่มแตก ส่วนโรคราใช้สารยูคาร์โฟนฉีดพ่น

การพ่นสารเคมีป้องกันกำจัดโรคและแมลงจึงควรพ่นเท่าที่จำเป็นจริง ๆ และควรหยุดก่อนเก็บฝักอย่างน้อย 15 วัน เพื่อป้องกันสารเคมีตกค้างในฝัก ซึ่งจะเป็นอันตรายต่อผู้บริโภค เพราะมะขามเทศเมื่อใกล้เก็บเกี่ยวเนื้อจะปริพองทำให้เปลือกของฝักแตกออก สารเคมีสัมผัสได้โดยตรงเมื่อทำการพ่นสารกำจัดศัตรูพืช