ในวันที่ 8 หลังจากวันเพาะก็สามารถเก็บดอกเห็ดได้เลย การเก็บควรเก็บในตอนเช้ามืด เพื่อดอกเห็ดจะได้ไม่บาน ดอกเห็ดที่เก็บควรมีลักษณะเป็นรูปไข่ปลอกยังไม่แตก และดอกยังไม่บานเพราะถ้าปล่อยให้ปลอกแตกและดอกบานแล้วค่อยเก็บจะทำให้ขายได้ราคาต่ำ
วิธีเก็บให้ใช้นิ้วหัวแม่มือกับนิ้วชี้กดดอกเห็ดแล้วหมุนเล็กน้อยยกขึ้นเบา ๆ ดอกเห็ดก็จะหลุดออกมาโดยง่าย ถ้ามีดอกเห็ดขึ้นอยู่ติดกันหลายดอก ควรเก็บขึ้นมาพร้อมกันทั้งหมดทีเดียว ถ้าเก็บเฉพาะดอกเห็ดที่โตออกมาดอกที่เหลือจะไม่โตและฝ่อตายไป
ไม่ควรใช้มีดดัดดอกเห็ด เพราะจะทำให้มีเศษเหลืออยู่ซึ่งอาจจะเน่าและลุกลามไปทั่วกองได้
เมื่อเก็บเห็ดออกมาแล้ว ต้องทำการตัดแต่งเอาดิน หรืออาหารเสริมออกให้หมด จากนั้นนำใส่ลงในภาชนะที่โปร่ง เช่น กระบุง ตะกร้า เข่ง ที่รองด้วยกระดาษ หรือใบกล้วย ห้ามพรมน้ำหรือแช่น้ำเด็ดขาด เพราะจะทำให้เห็ดอมน้ำ เก็บไว้ได้ไม่นาน เน่าเสียง่ายกว่าปกติ และจะทำให้รสชาติเสียไปด้วย
สำหรับผลผลิตต่อกองเพาะนั้น ได้ประมาณ 5 ขีด จนถึง 1 กิโลกรัม โดยเก็บได้ถึง 3 ครั้ง ขึ้นกับคุณภาพของเชื้อเห็ดฟาง และการดูแลรักษาด้วย