1. โรคราเมล็ดผักกาดหรือราหัวแข็ง เริ่มแรกจะเกิดเป็นเส้นใยขาวแผ่หนาเห็นได้ชัด พอแก่จะเกิดเป็นเม็ดเล็ก ๆ สีขาวต่อมากลายเป็นสีน้ำตาลเข้ม ราชนิดนี้มักทำให้กองเพาะเห็ดเน่าได้ เชื้อราจะติดมากับเปลือกถั่วเขียว หรืออยู่บนดินที่มีโรคนี้อยู่ก่อนแล้ว
การป้องกัน อาจทำได้โดยใช้เปลือกถั่วเขียวที่แห้งและสะอาดไม่มีเชื้อราชนิดอื่นขึ้น ใช้เชื้อเห็ดฟางที่ดี และดูแลรักษากองเพาะให้ถูกวิธี อย่าเพาะเห็ดฟางซ้ำที่เดิม ถ้าโรคนี้เกิดขึ้นควรนำไปเผาทำลายเสีย
2. โรคเน่า เชื้ออาจติดมากับเปลือกถั่วเขียวหรือน้ำที่ใช้รดทำให้เห็ดฟางเน่าได้
การป้องกัน เหมือนกับโรคราเมล็ดผักกาด
3. แมลง ได้แก่ มด ปลวก จะมาทำรังและกัดกินเชื้อเห็ดและรบกวนเวลาทำงาน
การป้องกัน ควรเลือกสถานที่เพาะเห็ดฟาง ไม่ให้มีมด ปลวก ไม่แนะนำให้ใช้สารฆ่าแมลง เพราะการเพาะเห็ดชนิดนี้จะได้เห็ดที่เกิดบนดินจำนวนมาก และอีกประการหนึ่ง เห็ดมีอายุสั้นอาจเป็นอันตรายต่อผู้บริโภคได้
4. เห็ดราชนิดอื่น ได้แก่ เห็ดขี้ม้า เห็ดหมึก จะเจริญแข่งกับเห็ดฟางและแย่งอาหารบางส่วนไป
การป้องกัน ทำได้โดยใช้เปลือกถั่วเขียวที่แห้ง และสะอาดไม่มีเชื้อราชนิดอื่นขึ้น ใช้เชื้อเห็ดฟางที่ดีและดูแลรักษากองเพาะให้ถูกวิธี
5. สัตว์ชนิดอื่น ได้แก่ หนู จิ้งเหลน กิ้งกือ คางคก จะกัดหรือแทะเห็ดได้ นอกจากนี้ยังสามารถคุ้ยทำลายกองเพาะจน