เมื่อสิ้นฤดูปลูก ไม้ดอกกลุ่มปทุมมาและกลุ่มกระเจียวจะพักตัวโดยใบและลำต้นเทียมจะค่อยแห้งลง และยุบหายไปเหลือแต่เหง้าพร้อมตุ้มรากฝังอยู่ใต้ดิน ในช่วงที่เริ่มการพักตัวนี้ควรลดการให้น้ำลงเพื่อเร่งให้พืชพักตัวเร็วขึ้น การเก็บเหง้านั้นจะต้องรีบขุดขณะที่รากของลำต้นเทียมยับไม่แห้งมากนัก เพื่อจะได้สะดวกในการสังเกตตำแหน่งของต้นขณะขุด เพราะการขุดนั้นต้องระวังมิให้เกิดแผลขึ้นกับเหง้าหรือตุ้มรากอย่างไรก็ตามเกษตรกรบางรายอาจทิ้งเหง้าที่พักตัวไว้ในดินราว 2 เดือน ก่อนจะขุดเหง้าขึ้นก็ได้ หากมั่นใจว่าจะไม่มีฝนตกขณะที่เหง้าซึ่งกำลังพักตัวยังอยู่ใต้ดิน เหง้าที่ปลูกในดินร่วนซุยจะมีรากยาว ตุ้มรากอยู่ค่อนข้างห่างเหง้า รากจึงมักหักหรือขาดง่ายเมื่อพยายามขุดเหง้า แต่การขุดขึ้นจากดินร่วนซุยจะทำได้ง่าย ส่วนเหง้าที่ปลูกในดินเหนียวจะมีรากค่อนข้างสั้น ตุ้มรากอยู่ชชิดเหง้า รากจึงหักหรือขาดยากเหมาะในการเก็บและขนส่ง แต่การขุดเหง้าจากดินเหนียวจะต้องพิถีพิถันพอสมควร การขุดเหง้าขึ้นจากดินทั้งสองประเภทจึงต้องการการปฏิบัติที่ต่างกัน
เมื่อได้เหง้าขึ้นจากดินแล้ว ต้องนำไปล้างน้ำให้สะอาด เพื่อป้องกันไม่ให้มีเชื้อโรคสะสมอยู่บนเหง้า หลังจาก