โดยปกติปลาสวายมักจะไม่ค่อยเป็นโรคมากนัก โรคที่พอจะพบได้บ้างคือ

1. โรคที่เกิดจากพยาธิ “อิ๊ค” (Ichthyophthirius sp.) เกิดได้กับปลาทั้งขนาดเล็กและขนาดใหญ่ จัดว่า เป็นโรคที่ทำความเสียหายให้แก่ผู้เลี้ยงปลามากที่สุด เนื่องจากตัวเต็มวัยของพยาธิอยู่ใต้ผิวหนังของปลาและดูดเลือดกินเป็นอาหาร ปลาที่เป็นโรคชนิดนี้จะปรากฎจุดสีขาวกระจายไปทั่วลำตัว มีเมือกหลุดออกมา และมีอาการเฉื่อยชา โรคนี้มักเกิดจากการเลี้ยงปลาหนาแน่นมากเกินไป อาหาร คุณภาพ และปริมาณไม่พอเพียง อุณหภูมิต่ำ ถ้าพบว่า ปลาตัวใดเป็นโรคนี้ ให้รีบใช้ยากำจัดทันที ก็สามารถป้องกันการระบาดของโรคได้ เพราะอิ๊คเข้าทำลายตัวปลาไม่พร้อมกัน
วิธีแก้ไข
ก. แช่ปลาในน้ำยาฟอร์มาลิน (Formalin) เข้มข้น 25 ส่วนในล้านส่วน โดยแช่วันเว้นวัน
ข. แช่ปลาที่เป็นโรคใช้น้ำยาเมททีลีนบลู (Methylene blue) เข้มข้น 200 ส่วนในล้วนส่วน ประมาณ 2 ชั่วโมง แล้วย้ายมาขังไว้ในบ่อที่มีน้ำสะอาดประมาณ 2 - 3 วัน จุดขาว ๆ จะค่อย ๆ หายไปเอง
ค. แช่ปลาในสารละลายไนโตรฟูราโซน ความเข้มข้น 1 กรัมต่อน้ำ 40 ลิตร นานประมาณ 2 - 3 วัน
ง. แช่ปลาในสารละลายออรีโอมัยซิน ความเข้มข้นน 15 มิลลิกรัมต่อน้ำ/ลิตร นานประมาณ 4 วัน

2. โรคที่เกิดจากพยาธิ “ทริโคตินา” Trichodina sp.) ส่วนมากเป็นกับปลาขนาดเล็ก พยาธิชนิดนี้จะเกาะ อยู่ตามบริเวณลำตัว ครีบ ซี่เหงือก อาการที่ปรากฎคือ มีลักษณะเป็นแผ่นเยื่อบาง ๆ ปกคลุมบริเวณดังกล่าวทำให้ ปลามีอาการเฉื่อยชา ไม่ค่อยกินอาหารและจะตายในที่สุด
วิธีกำจัดทำได้หลายวิธี เช่น
ก. แช่ปลาในน้ำเกลือเข้มข้น 3% เมื่อปลามีอาการกระวนกระวายแล้วจึงเปลี่ยนน้ำใหม่
ข. แช่ปลาในน้ำยาฟอร์มมาลินเข้มข้น 25 ส่วนในล้านส่วน
ค. แช่ปลาในสารละลายด่างทับทิม 3 ส่วนในล้านส่วน

3. โรคท้องบวม เกิดกับปลาสวายทุกชนิด อาการที่ปรากฏคือ ส่วนท้องของปลาจะบวมออกมาเห็นได้ ชัดเจน ทำให้ปลามีการเคลื่อนไหวช้าลงและตายในที่สุดเช่นกัน การรักษาที่ได้ผล คือ การถ่ายน้ำ และใส่เกลือลงในบ่อปลา
4. โรคที่เกิดจากพยาธิ “แดดทีโลไยรัล” (Dactylogyrus sp.) หรือพวกพยาธิตัวแบน เกิดกับปลาทุกขนาดที่เป็นโรคนี้จะมีอาการหายใจไม่สะดวก เพราะพยาธิจะเข้าเกาะและทำลายซี่เหงือกปลา การกำจัดทำได้โดยการใช้ น้ำยาฟอร์มาลิน 50 ส่วนในล้านส่วนหรือสารละลายดิพเทอร์เร็กซ์ 0.25 ส่วนในล้านส่วนก็ได้ผลเช่นเดียวกัน และ การใช้ตัวยาเข้มข้นในระดับนี้หากปลาที่ใส่ลงแช่ในน้ำยามีอาการทุรนทุราย ควรรีบจับปลาไปปล่อยไว้ในน้ำ ธรรมชาติต่อไป มิฉะนั้นปลาอาจตายได้โดยทั่วไปจะแช่ไม่เกิน 10 - 15 นาที ทั้งนี้ต้องขึ้นอยู่กับน้ำและอุณหภูมิ ของน้ำที่ใส่แช่ หากอุณหภูมิสูง น้ำมีปริมาณน้อย ก็ต้องใช้ระยะเวลาน้อยกว่านี้
หมายเหตุ อัตราส่วน 1 ส่วนในล้านส่วน หมายถึง น้ำยา 1 ซีซี ต่อปริมาณน้ำ 1 ลูกบาศก์เมตร หรือ 1,000 ลิตร

5. โรคหูดเม็ดข้าวสาร ปลาที่เป็นโรคนี้จะมีตุ่มสีขาวขุ่นอยู่ตามลำตัวลักษณะคล้ายเม็ดข้าวสาร มักพบใน กรณีที่มีการปล่อยปลาเลี้ยงอย่างหนาแน่น และการถ่ายเทน้ำไม่สะดวก ปลาจะมีอาการผอมไม่กินอาหาร และทยอย ตาย สาเหตุของโรคนี้เกิดจากเชื้อสปอร์โรซัวขนาดเล็ก ชนิดของปลาที่มีรายงานว่าเป็นโรคนี้ ได้แก่ ปลาดุก สวาย
โรคหูดข้าวสารในปลาสวาย

การป้องกันและรักษา

1. อย่าปล่อยปลาแน่นเกินไป และควรทำการถ่ายเทน้ำในบ่อปลาอย่างสม่ำเสมอ
2. ถ้าพบปลาเป็นโรคควรเผาหรือฝังเสีย เพื่อป้องกันการระบาดของโรค
3. เมื่อปลาเป็นโรคแล้วไม่มีทางรักษา
4. ถ้านำปลาที่เป็นโรคในขั้นไม่รุนแรงมากมาเลี้ยงในที่ที่มีน้ำถ่ายเทสะดวก และในอัตราที่ไม่หนาแน่นมาก ปลาก็อาจจะหายจากโรคได้เองบางส่วน