โรคถั่วฝักยาวนั้นแม้ว่าจะไม่แสดงอาการของโรคให้เห็นทันทีหลังจากเชื้อโรคเข้าทำลาย หากแต่การทำลายของโรคพืชนั้น สร้างความรุนแรง และความเสียหายได้มาก แก้ไขได้ยากกว่าการทำลายของแมลงศัตรูพืช โรคของถั่วฝักยาวที่สำคัญได้แก่

ถั่วฝักยาวมีโรคใบจุดชนิดหนึ่งทำให้เนื้อเยื่อแผลแห้งเป็นวงกลมหรือเกือบจะกลม สีน้ำตาลตรงกลางแผล มีจุดไข่ปลาสีดำเล็ก ๆ ซึ่งเป็นกลุ่มของเชื้อรา ที่ขึ้นเป็นกระจุกและเรียงเป็นวงกลมซ้อนกันมองเห็นชัดด้วยตาเปล่า ทำให้มองเห็นแผลเป็นวงกลมซ้อนกันหลายชั้น ขนาดของแผลประมาณ 1-2 เซนติเมตร มักจะเกิดกับใบแก่ที่อยู่ตอนล่าง ๆ
สาเหตุของโรค เกิดจากเชื้อรา Cercospora sp.


ควรพ่นสารป้องกันกำจัดเชื้อราเมื่อพบโรคนี้ โดยใช้สารไดเทนเอ็ม 45 เดอโรซาน บาวิสติน หรือเบนเลท อย่างใดอย่างหนึ่ง อัตราตามข้างฉลากฉีดพ่นทุก 5-7 วัน

อาการปรากฎด้านใต้ใบเป็นจุดสีสนิมหรือน้ำตาลแดง จุดมีขนาดเล็ก ใบที่เป็นโรคมาก จะมองเห็นเป็นผงสีน้ำตาลแดง โรคนี้มักจะเกิดกับใบแก่ทางตอนล่างของลำต้นก่อน แล้วลามขึ้นด้านบน มักจะเริ่มพบเมื่อต้นถั่วอยู่ในระยะออกดอก ถ้าเป็นรุนแรงมากจะทำให้ใบแห้งร่วงหล่นไป
สาเหตุของโรค เกิดจากเชื้อราUromyces fabae Pers

1. ใช้กำมะถันผงชนิดละลายน้ำอัตรา 30-40 กรัม/น้ำ 20 ลิตร พ่นสัปดาห์ละครั้ง ไม่ควรใช้ในขณะที่แดดร้อนจัด และห้ามผสมสารเคมีชนิดอื่น
2. ใช้สารเคมีแพลนท์แวกซ์ (plantvax) อัตรา 10-20 กรัมน้ำ 20 ลิตร



อาการมองเห็นได้ชัดเจนด้วยตาเปล่า บนใบมองเห็นคล้ายมีผงแป้งจับอยู่ ถ้าอาการไม่มากนัก ผงแป้งนี้จะเกาะอยู่บนใบเป็นกลุ่ม ๆ แต่ถ้าเป็นมากจะเห็นผิวใบถูกเคลือบอยู่ด้วยผงแป้งเหล่านี้ อาการที่รุนแรงจะทำให้ใบเหลืองและร่วง โรคนี้มักจะไม่ทำให้ต้นตายอย่างรวดเร็วกว่าปกติ
สาเหตุของโรค เกิดจากเชื้อรา Oidium sp.

1. ใช้กำมะถันผงเหมือนกับโรคราสนิม
2. ใช้คาราเทนหรือซาพรอน อัตราตามคำแนะนำที่ฉลาก ฉีดพ่น 7-10 วัน



ถั่วจะแสดงอาการใบด่างเหลืองมากน้อยแตกต่างกันไปตามสภาพแวดล้อม อาการจะมองเห็นได้ชัดเจนบนใบแก่เป็นสีเขียวเข้มสลับกับสีเหลือง หรือด่างเป็นลาย บางครั้งสีเหลืองอ่อนเกือบเป็นสีขาวสลับกับสีเขียวแก่ของใบ มีทั้งชนิดลายแล้วใบเป็นคลื่นและด่างลายใบเรียบ ใบอาจจะม้วนงอหรือแผ่ตามปกติ ในกรณีที่เป็นโรคอย่างรุนแรง โดยเฉพาะในระยะต้นอ่อนและตายในที่สุด
สาเหตุของโรค เกิดจากเชื้อไวรัสในกลุ่ม PVY

1. เลือกใช้เมล็ดพันธุ์ที่ปราศจากโรค โดยการเลือกเก็บจากต้นที่ปราศจากโรคใบด่าง
2. ถอนต้นที่มีอาการของโรค ทำลายเผาทิ้ง
3. ใช้สารเคมีป้องกันกำจัดแมลงฉีดพ่นแมลงพาหะ




ควรมีการตัดแต่งฝักที่อยู่ระดับล่างออกบ้าง เพื่อมิให้ต้นถั่วฝักยาวโทรมก่อนถึงอายุการเก็บเกี่ยวจริง และทำให้ฝักที่อยู่ส่วนยอดเต่งงามไม่ลีบ โดยเฉพาะเมื่อปลูกในฤดูฝน จะเป็นการช่วยไม่ให้ฝักนอนอยู่บนผิวดิน ซึ่งจะป้องกันไม่ให้เกิดโรคระบาดได้ง่าย และลดปัญหาเมล็ดแก่งอกในฝัก