ถั่วฝักยาวจะเก็บเกี่ยวได้หลังจากปลูกประมาณ 55-75 วัน ขึ้นอยู่กับสายพันธุ์และสภาพแวดล้อมที่เกี่ยวข้อง การเก็บนั้นอาจจะสังเกตจากลักษณะฝักที่ตรงตามความต้องการของตลาด หรืออาจจะนับวันโดยเริ่มจากวันผสมเกสร ซึ่งจะอยู่ในช่วงประมาณ 10-15 วัน วิธีการเก็บให้ปลิดขั้ว ระวังไม่ให้ดอกใหม่หลุดเสียหาย เพราะจะกระทบกระเทือนต่อปริมาณผลผลิต ลักษณะการเก็บให้ทยอยเก็บทุก ๆ 2-4 วัน โดยไม่ปล่อยให้ฝักแก่ตกค้าง ปกติแล้วระยะเวลาการให้ผลผลิตของถั่วฝักยาวอยู่ในช่วง 1-2 เดือน หรืออาจเก็บได้ 20-40 ครั้ง ขึ้นอยู่กับการดูแลรักษาและสายพันธุ์ที่ปลูกขณะนั้น หลังจากเก็บเกี่ยวถั่วฝักยาวแล้วให้นำเข้าร่มทันที ไม่ควรวางไว้กลางแดด แล้วนำลงบรรจุในภาชนะ เช่น ตะกร้า หรือเข่งซึ่งบุด้วยวัสดุที่ป้องกันการขูดขีดผลผลิต ได้แก่ ใบตอง หรือวัสดุอื่น ๆ ที่ใช้ทดแทนกันได้ การบรรจุนั้นไม่ควรบรรจุปริมาณมากเกินไป เพราะจะทำให้ผลผลิตบอบช้ำเสียหายได้
ลักษณะถั่วฝักยาวที่ตลาดต้องการ แบ่งได้ดังนี้
1) ความต้องการของตลาดในประเทศ ต้องการถั่วฝักยาวที่มีความยาวฝัก 50-70 เซนติเมตร สีเปลือกเขียว ฝักไม่พอง แต่ความต้องการในแต่ละท้องถิ่นนั้นจะแตกต่างกันไปขึ้นอยู่กับความนิยมของผู้บริโภค และลักษณะการประกอบอาหารของแต่ละแหล่งด้วย
2) ความต้องการของตลาดต่างประเทศ ต้องการถั่วฝักยาวที่มีความยาวฝักประมาณ 36-40 เซนติเมตร ขนาดสม่ำเสมอ สดไม่บอบช้ำ เก็บอ่อนกว่าปกติ 1-2 วัน





ไม่ควรปล่อยให้ฝักของถั่วฝักยาวแห้งคาต้น พอฝักเริ่มเหลืองและพองตัวก็สามารถเก็บมาแกะเมล็ดนำออกตาก เพื่อเก็บไว้เป็นเมล็ดพันธุ์ต่อไป
ถ้าปลูกในฤดูฝน การเก็บเมล็ดพันธุ์จะยุ่งยากพอสมควร เพราะถ้าปล่อยให้แก่คาต้น เมล็ดในฝักจะงอกหรือเกิดเชื้อราทำลายเมล็ด ฉะนั้นควรระมัดระวัง และดูจังหวะเวลาเก็บเกี่ยวให้ดี