ปัญหาและอุปสรรคในการเลี้ยงปูทะเล สรุปได้ดังนี้
1. ขาดแคลนพันธุ์ปูในบางฤดูกาล ทำให้ไม่สามารถดำเนินการได้อย่างต่อเนื่องตลอดทั้งปี
2. การขโมย
3. การตลาดซึ่งถูกกำหนดราคาขาย-ซื้อโดยแพสัตว์น้ำ ทำให้ในช่วงที่มีปูมากราคาปูจะตกจนผู้เลี้ยงประสบการขาดทุน
4. ศัตรู ทั้งในกรณีการกินกันเอง หรือทำร้ายกันเองของปูและพยาธิ เป็นต้น ทำให้อัตราการรอดตายต่ำ (ในกรณีที่ไม่มีการจัดการที่ดี)
อย่างไรก็ตาม เนื่องจากปูทะเลเป็นสัตว์น้ำที่มีคุณค่าทางเศรษฐกิจ ที่มีความสำคัญไม่ยิ่งหย่อนกว่าสัตว์น้ำประเภทอื่น ๆ อีกทั้งคุณค่าโภชนาการ และเนื้อมีรสดี ทำให้ปูทะเลได้รับความนิยมในการบริโภคสูง ดังนั้นความต้องการของตลาดจึงมีปริมาณมากขึ้นเป็นลำดับ การจับปูทะเลจากธรรมชาติเพียงอย่างเดียว ย่อมไม่เพียงพอตอบสนองความต้องการดังกล่าวได้ จึงได้มีการเพาะเลี้ยงปูทะเลขึ้น เพื่อให้ได้ปูทะเลที่มีคุณภาพและปริมาณตามความต้องการ
ปริมาณความต้องการบริโภคที่เพิ่มมากขึ้นนั้น ย่อมส่งผลกระทบต่อความอุดมสมบูรณ์ของพันธุ์ปูทะเลในธรรมชาติอย่างหลีกเลี่ยงไม่ได้ การพัฒนาการเพาะเลี้ยงปูทะเลจึงควรกระทำไปพร้อม ๆ กับการอนุรักษ์พันธุ์ เพื่อให้ทรัพยากรสัตว์น้ำประเภทนี้ดำรงอยู่ต่อไปในน่านน้ำ รัฐบาล