โดยทั่วไปมังคุดเริ่มออกดอกเมื่อปลูกไปได้ประมาณ 7-8 ปี และได้ผลผลิตเต็มที่เมื่อมีอายุประมาณ 12 ปีขึ้นไป การออกดอกของมังคุดจะไม่ออกพร้อมกันในทีเดียวจะทะยอยออกอยู่นานราว 40 วัน เป็นผลให้ การเก็บเกี่ยวมังคุดต้องทะยอยเก็บเกี่ยวไปด้วยเช่นกัน

ดัชนีการเก็บเกี่ยว หลังจากมังคุดเริ่มติดผลประมาณ 11-12 สัปดาห์ก็ทะยอยเก็บเกี่ยวได้ การที่จะพิจารณาเก็บเกี่ยวมังคุด ในระยะไหน ก็ขึ้นอยู่กับระยะทางในการขนส่ง โดยคาดการณ์ให้ผลมังคุดสุก หรือมีสีม่วงแดงพอดี เมื่อถึงผู้บริโภคหรือถึงโรงงานแช่แข็ง แนะนำให้เก็บเกี่ยวมังคุดโดยสังเกตจากสีของเปลือก โดยการเก็บเกี่ยวเมื่อเปลือกมังคุดเริ่มมีสายเลือดหรือเกิดจุดแต้มหรือรอยประสีชมพูเข้ม (ภาพประกอบ) แต่ ระยะนี้ยังไม่เหมาะต่อการบริโภคเพราะเนื้อแยกตัวจากเปลือกได้ยาก และยังมียางสีเหลืองอยู่ภายในเปลือก จากระยะนี้ ใช้เวลาประมาณ 4 วัน เปลือกจะเปลี่ยนเป็นสีม่วงแดง ซึ่งเป็นระยะที่ใช้บริโภคได้ และหลังจากนั้นอีก 1 วัน ผลมังคุดก็จะเปลี่ยนเป็นสีม่วงเข้ม หรือม่วงดำ ซึ่งเป็นระยะที่เหมาะสมต่อการบริโภคที่สุด

การเก็บเกี่ยว ถึงแม้ว่าผลมังคุดมีเปลือกหนาก็ตาม แต่เปลือกจะไม่ทนทานต่อการกระทบกระแทก เปลือกจะช้ำและแข็ง บิไม่ออกในเวลาต่อมา ส่วนเปลือกด้านในจะเปลี่ยนเป็นสีน้ำตาลแดงและลามไปถึงเนื้ออย่างรวดเร็ว การเก็บเกี่ยวมังคุดมีหลายวิธีโดยมีเงื่อนไขว่าจะต้องเก็บเกี่ยวอย่างระมัดระวังอย่าให้ผลมังคุดตกกระแทก

1. ใช้แรงงานเด็กปีนขึ้นไปเก็บใส่ถุงหรือตะกร้า วิธีนี้จะมีการสูญเสียน้อยแต่สิ้นเปลืองเวลาและ แรงงานสูง

2. การเก็บเกี่ยวโดยใช้ตะกร้อ (แบบถุงกาแฟมีเขี้ยว) ซึ่งออกแบบพัฒนาโดยคุณนิวัฒน์ พ้นชั่ว แห่งสวนลุงสุน จ.ระยอง จะเก็บเกี่ยวได้ประมาณ 360 ผล/ชั่วโมง ความสูญเสีย เช่น ผลหล่นนอกตะกร้อ บ้างเล็กน้อย

3. ใช้เครื่องมือเก็บเกี่ยวมังคุด กวศ. 4 ซึ่งออกแบบโดยกองเกษตรวิศวกรรม กรมวิชาการเกษตร ซึ่งมีอัตราการเก็บเกี่ยว 501 ผลต่อชั่วโมง ใช้งานได้สะดวก และไม่พบความสูญเสีย ที่เกิดจากผลหล่นออกนอกตะกร้า

วิธีเก็บเกี่ยว

1. เสียบให้ผลมังคุดเข้าไปในเครื่องมือซึ่งขั้วผลมังคุดจะอยู่ระหว่างช่องฟันเสร็จแล้วบิดเครื่อง มือเล็กน้อยผลมังคุดจะหลุดและร่วงลงถุงรองรับ

2. เมื่อผลมังคุดเต็มถุง (5-10 ผล) ยกถุงหย่อนลงมาที่ภาชนะรองรับ (เข่ง หรือตะกร้า) พยายาม วางให้อุปกรณ์ต่ำที่สุดเท่าที่จะทำได้แล้วปลดล็อคค่อย ๆ ยกอุปกรณ์ขึ้น ผลมังคุดจะไหลลงภาชนะอย่างนุ่มนวล